Η Ιωάννα-Παναγιώτα Καλαφάτη αποφοίτησε από το τμήμα «Επιστήμης Διαιτολογίας & Διατροφής» του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου Αθηνών το 2010.

Το 2011 ολοκλήρωσε τις μεταπτυχιακές της σπουδές στο πρόγραμμα «Κλινική Διατροφή και Δημόσια Υγεία» του University College London, UK. Στη συνέχεια, εκπόνησε τη διδακτορική της διατριβή στο εργαστήριο ΕΒΒΙΦΑΜ του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου με τίτλο «Αλληλεπιδράσεις γονιδίων και περιβαλλοντικών παραγόντων στη μη-αλκοολική λιπώδη νόσο του ήπατος» υπό την επίβλεψη του Καθηγητή Γεωργίου Δεδούση.

Η Ιωάννα – Παναγιώτα Καλαφάτη είναι επιστημονικός συνεργάτης του τμήματος «Επιστήμης Διαιτολογίας & Διατροφής» του Χαροκοπείου Πανεπιστημίου Αθηνών και του τμήματος «Διαιτολογίας & Διατροφής» του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, τόσο ως ερευνήτρια όσο και ως διδάσκουσα. Aπό το συνολικό έργο της κας Καλαφάτη έχουν προκύψει 23 επιστημονικές δημοσιεύσεις και 13 συμμετοχές/παρουσιάσεις σε ελληνικά και διεθνή συνέδρια στον τομέα της Διατροφής & της Διατροφογενετικής.